Três vezes se encontra esta palavra nos evangelhos, quatro vezes no Apocalipse, mas vinte vezes nas epístolas de S. Paulo. Nunca significa somente qualquer coisa estranha e inexplicável, mas sempre um segredo, revelado ou não revelado, conforme o caso. Em tempos do Novo Testamento estava o mundo pagão crivado de sociedades que tinham por fim ensinar os ‘mistérios’, isto é, os segredos relacionados com a religião, nos quais eram solenemente iniciados os aderentes. Provavelmente este fato sugeria muitas vezes a S. Paulo tanto o uso da palavra mistério, como o de alguns termos em conexão com os ‘mistérios’. Assim em Fp 4.12 diz-se, segundo umas versões, ‘eu estou instruído’, e segundo outras, ‘tenho aprendido o segredo’. Em Cl 1.26, o mistério é a presença do Cristo nos crentes. Em Ef3.4 a 8, há referências aos privilégios comuns aos cristãos saídos do judaísmo e do gentilismo.
